پیش از بیان مزایای پیام رسان‌های سازمانی لازم است گفته شود که هر یک از این سیستم‌ها از خط مشی خاصی پیروی می‌کند. دارای امنیتی بالا است وعموما برای انتقال داده در هنگام طراحی از الگوریتم‌های مسیریابی بسیار خوب و کارآمدی استفاده می‌شود. همچنین عموم این پیام رسان‌ها علاوه بر پلتفرم موبایلی دارای پلتفرم تحت وب نیز می‌باشند و علاوه بر برخورداری امکانات عمومی موجود در این نوع پیام رسان‌ها هر یک از آن‌ها طبق اهداف سازمان اختصاصی شده و امکانات دیگری در جهت کارایی بیش‌تر به آن‌ها اضافه شده است و در آخر ناگفته نماند که پیام رسان‌های سازمانی را به راحتی می‌توان با دیگر نرم افزارهای سازمان یکپارچه‌سازی کرد و اما مزایای پیام رسان‌های سازمانی عبارتند از:

محیط کار مملو از چیزهایی است که بهره‌وری را خواسته یا ناخواسته کاهش می‌دهد. به عنوان مثال ارتباط حضوری برای ارسال یک فایل به بخش دیگر سازمان یا اطلاع‌رسانی به شیوه سنتی (تماس گرفتن، ارسال یکی از کارکنان، فکس و …) بر زمان که سرمایه‌ی ارزشمندی است تاثیر منفی خواهد گذاشت. این در حالی است که استفاده از پیام رسان‌های سازمانی به طور قابل توجهی باعث صرفه‌جویی در زمان می‌شود. در واقع کارکنان به سادگی و با سرعت بالا و تنها با چند کلیک ساده می‌توانند، با دیگر کارکنان تعامل داشته و موارد لازم را به اشتراک بگذارند.

در پیام رسان‌های سازمانی ارتباطات و تعامل میان افراد یک سازمان کاملا شفاف و در بستری یک پارچه صورت می‌گیرد. افراد بر اساس رتبه سازمانی خود سطح دسترسی مشخصی خواهند داشت و وجود پنل مدیریت و همچنین امکان گزارش‌گیری از پیام‌ها و تعاملات، نظارت بر ارتباطات را توسط مدیریت سازمان آسان‌تر کرده و میزان خطا را کاهش می‌دهد.

به کار گیری پیام رسان های سازمانی همکاری قسمت‌های مختلف یک سازمان را متمرکز و پویا خواهد کرد. اگر چه قرار گرفتن اعضای یک سازمان در کنار هم برای پیشبرد اهداف می‌تواند لذت‌بخش باشد اما گاهی یک سازمان از چندین بخش مجزا در مکان‌ها یا شهرهای مختلف تشکیل شده است و یا برخی افراد به دلایلی برای مدتی امکان حضور در سازمان را نخواهند داشت. وجود چنین پیام رسان‌هایی که اتاق‌های گفتگو مشخصی دارند و اطلاعات و اطلاعیه‌های سازمان به آسانی منتشر می‌شوند می‌تواند فضای کاری متمرکز و پویایی را در بستری ایمن فراهم سازد. این امر رضایت کارکنان را نیز در پی دارد.

در پیام رسان‌های سازمانی ارتباطات و تعامل میان افراد یک سازمان کاملا شفاف و در بستری یک پارچه صورت می‌گیرد. افراد بر اساس رتبه سازمانی خود سطح دسترسی مشخصی خواهند داشت و وجود پنل مدیریت و همچنین امکان گزارش‌گیری از پیام‌ها و تعاملات، نظارت بر ارتباطات را توسط مدیریت سازمان آسان‌تر کرده و میزان خطا را کاهش می‌دهد.